L’IIJ a été établi en tant que fondation sous le droit maltais, avec un conseil d’administration représentant ses quatorze membres. L’IIJ est géré par un secrétariat exécutif, composé d’une équipe de vingt-cinq personnes dirigée par un secrétaire exécutif, qui est responsable des opérations quotidiennes de l’IIJ. Le conseil d’administration a adopté une réglementation institutionnelle concernant l’approvisionnement, l’inventaire, le personnel et les politiques financières de l’IIJ, et a fait l’objet d’un audit annuel indépendant mené par Deloitte. En 2018, le
Conseil a approuvé la création d’un nouveau conseil consultatif, qui fournit des conseils non
contraignants au secrétariat exécutif de l’IIJ sur la programmation, la mise en œuvre et les
partenariats.